计算机科学与工程学院实验教学中心包含计算机基础实验教学中心和计算机应用实验教学中心。分布在吉首校区和张家界校区，总面积达4682平方米，教学仪器设备总值2713万元。
计算机基础实验教学中心面向所有专业，为计算机基础课程实践教学和竞赛考试提供场所。分别位于吉首校区12教学楼C栋5楼和张家界校区逸夫教学楼3楼，共9个计算机基础实验分室，有计算机745台，面积2162平方米，总资产1302万元。
计算机应用验教学中心拥有现代软件工程实验分室、信息资源与软件测试实验分室、算法分析与并行设计实验分室、网络协议分析实验分室、网络信息安全实验分室、嵌入式系统实验分室、移动互联软件开发实验分室、计算机网络实验分室、网络综合布线实验分室、物联网实验分室、机器人实验室分室、智能信息处理实验室分室12个专业实验室，主要面向计算机科学与技术、软件工程、数据科学与大数据技术专业提供实践场所。面积2520平方米，教学仪器设备总值1411万元。
